La costruzione della chiesa incominciò nel 1721, a seguito della distruzione dell'antico edificio dedicato a S.Nicolò durante il terremoto del 1693. Essa risulta composta da tre navate su pianta a croce latina. Il secondo ordine della facciata ed il campanile furono realizzate nella seconda metà del '700 su disegno del famoso architetto Francesco Battaglia, a cui si attribuiscono anche gli stucchi "delle volte e delle arcate" all'interno della chiesa. La cupola è del primo decennio del '900.

Nella parte destra del transetto si può ammirare la splendida pala raffigurante la Predica di San Nicolò , del 1761, opera del palermitano Vito D'Anna, considerato "il caposcuola dei decoratori siciliani della seconda metà del XVIII secolo". Nel transetto sinistro si può ammirare il gruppo ligneo della Sacra Famiglia della prima metà del '700.
La maggior parte del patrimonio artistico della chiesa (dipinti, argenti, gioielli) è conservato nell'annesso e nuovissimo Museo San Nicolò , inaugurato alla fine del 1985.